闫应元抱着必死之心进了江阴，但他并不是来自杀的，与全节而死相比，他也更希望能护佑这一方百姓好好的活下去。可是时局艰难啊！江阴小城地小民寡，面对着二十余万清军、数百门红衣大炮的围攻，闫应元也是心力憔悴。
江阴被围期间，曾有多股义军前来救援，可是闫应元并没能等到一个援兵。先是黄蜚、吴之葵领兵来援，结果至太湖便与贝勒博洛的大军相遇，二人兵败被俘后，投降了清军。水匪顾三麻子因敬慕阎应元的为人，也率舟师来援，可惜在江岸苦战三日后失败，只能扬帆远去，在崇明投降了登莱水师。此外，义阳王来援，败于砂山。秀才金矿会集精勇四百余人来援，被刘良佐以铁骑三千截在周庄左近，全军俱没。
援兵屡屡战败，江阴彻底沦为了孤城。清军以火炮昼夜轰击城池，北城城垛在炮火的轰击下塌陷数丈。阎应元命石匠砌墙，匠危惧不前，阎应元言辞恳切，动之以情，石匠深受感动，这才冒死登城修葺城垛，使之牢固如初。可闫应元也清楚，这次还能勉强修缮，下次怕是就再没有这样的机会了。
到了八月中旬，博洛令数百人，把二百余门红衣大炮全部搬到花家坝，专打江阴东北城。炮弹入城后穿透洞门十三重，树木也被穿过数重，落地之后还深入数尺，军民无不震恐。当日江阴也下起了雨，清军用牛皮帐护炮装药，城头已经危如累卵。城上守军因畏惧清军炮火猛烈，见到城下燃火，便都躲到围墙后面，炮声过后，才敢再次登上城楼。清兵看到这种情况，故意放空炮，并让炮中只放狼烟，烟漫障天，咫尺莫辨。守城者只听炮声隆隆，认为清兵不能很快进入，而不知清兵已潜渡护城河，从烟雾中蜂拥突上，众人来不及防御而崩溃。好在清兵上城时，发现民兵对城列阵，清兵怕有埋伏，僵持半日不敢进攻，但此时闫应元已经知道江阴沦陷了。
阎应元端坐于东城敌楼之上，要了一支笔，在城门上写道："八十日带发效忠，表太祖十七朝人物，十万人同心死义，留大明三百里江山。"万念俱灰的闫应元正准备带兵去做最后的决战，却发现清军忽然退去了，他们放弃了几乎到手的江阴城。
“信藩的援兵到了，一路在香山登陆，一路从利港杀来，清军不支回援去了！”刚刚差点让家小自杀的陈明遇给闫应元送来了巨大的利好消息。
曾经数挫清虏的信藩强军来援，闫应元也是喜出望外，不过信藩援兵未到，江阴防御也疏忽不得。擦干了激动的泪水之后，闫应元急忙指挥军民，赶紧抢修被清军破坏的城垣，务必保证不在最后的时刻为清军所乘。已经疲惫不堪的江阴军民，全都知道了信藩来援的好消息，大家群情振奋，全都恢复了活力。
闫应元守在城头没有离开，他是盼了星星盼月亮，时刻期待着能够看到明军的身影，然而这一等就是两天。清军没有再对江阴发起进攻，但所谓的信藩强援，也是踪影不见。闫应元心头泛起了不祥的预感，然后又一队劝降的清军使者出现在了他的面前，使者带着一面大旗，手里还捧着一个木盒。
“闫先生，不要再做无谓的抵抗了，信藩登莱军已然战败，信藩知武卫军旗、知武卫指挥使马承业首级均在此处。贝勒爷还是钦佩先生的，所以只要先生肯于城上竖起我大清旗帜，表示归顺，贝勒爷绝不追究任何人的罪责。即便不剃发，天兵也会撤军！”使者向闫应元展示了知武卫的军旗还有一个首级。
知武卫的军旗是真的，不过这首级却是假的。孔有德非常尊重马承业，礼遇安葬了他，岂会斩下他的首级。而且清军也得考虑一些影响，马承业怎么说也是马承忠的族弟，虽然没有一同降清，但也是血亲。孔有德若是砍了马承业的脑袋，马承忠即便嘴上不说什么，心里也肯定是老大的不乐意。马承忠现在可是大宝贝，多尔衮都不敢得罪的人，自然所有人都得哄着他。
使者带来的这个首级，是清军在江阴附近屠戮的无辜百姓，只因长相颇为威武，便给拿来冒充马承业了。闫应元又不认识马承业，拿谁的首级来不一样，反正有知武卫的军旗在，而且知武卫被歼灭也是事实，根本不用担心闫应元不信。
“马将军忠烈千古！”闫应元对着首级一躬到地，先尽了对忠良的礼数。
“先贤当面，闫某如何敢屈膝！今日之事，宁死不降！马将军现行一步，学生随后便到！”闫应元虽然回答了使者，但全程都是在对着首级说话。
使者臊眉耷眼的去了，清军也并未再对江阴发起进攻，到是香山一线，一连数个昼夜炮声不绝。闫应元和陈明遇等人一商量，马上便分析出了清军的奸谋。利港一线的登莱军可能的确受创，但香山一线的登莱军却并未溃败，而且与清军激战正酣。清军抵挡登莱军尤为不足，根本没有余力再继续进攻江阴。
闫应元又等了几日，八十日带发效忠，都能改成九十日带发效忠了，城外清军忽然有了极大的变动。先是千余清军狂奔而至，后面又有数万大军开了过来，闫应元的心马上又提了起来。清军的援兵到了，香山的登莱军怕是也抵挡不住，江阴只怕劫数难逃。
闫应元正准备让军民悉数登城与清军做最后一搏呢！却发现清军突然拔营起寨，开始全军撤退。他们只对香山一线保持着警戒，留了数万兵马断后，连看都没看江阴城一眼。清军撤走的非常急切，就连留在江阴城下的一些营垒仗器都不要了，好像狗撵的一样，直接奔着常州方向就跑了。
闫应元对于江阴得救了非常开心，但他也很纳闷，清军到底遇到了什么事，怎么就这么不管不顾的跑了呢！闫应元很奇怪，博洛却无比的清晰，他必须得后撤，不然他一准得被何苦给包了饺子。此时不赶紧去寻坚城固守，万一给何苦堵在江边，他一准是第二个李率泰。
闫应元看到的第一批千余人马，正是从苏州逃回来的准塔，他给博洛带回了两个非常刺激的消息。第一个消息是苏州一府全都丢了，第二个是无锡也丢了，两万余登莱军精锐正在沿运河推进。博洛惊闻此信，差点亲自动手掐死准塔，可还没等他动手，孔有德又回来了。
孔有德带来的消息更刺激，狮子山的知武卫残部被救出去了，所部损失了数千人，却连敌人的毛都没摸着。博洛听完了孔有德的损失，都有点不知该说什么好了。孔有德也是军中宿将，也为大清效力多年，怎么能干出这种事呢！清军什么时候打过这么窝囊的仗啊！不过孔有德介绍了对手之后，博洛就一点脾气都没有了。
“明信王何苦亲征了，如今正在狮子山！”孔有德是真有点怕了，知武卫那么难缠，却不过是信藩的二流部队，何苦亲率的精锐中的精锐得是什么样啊！
“全军撤往常州，快，快！”博洛听说何苦亲自来了，二话不说，直接下达了跑路的命令。